Four first division teams, Real Sociedad, Valladolid, Sevilla and Numancia, were eliminated from the second round of the cup by teams from lower divisions.

Second round first leg

Osasuna 1 (Arpón) - Sevilla 0
Córdoba 1 (Arnau) - Espanyol 1 (Roger)
Bermeo 0 - Betis 0
Salamanca 2 (Zegarra, Sandro) - Rayo Vallecano 2 (Cembranos, Clotet)
Real Unión 1 (Labiano) - Valladolid 1 (Peternac)
Recreativo Huelva 0 - Zaragoza 0
Hércules 0 - Racing Santander 0
Logroñes 2 (Kiko, Manel) - Real Sociedad 1 (Idiakez)
Lorca 0 - Oviedo 1 (Fabio Pinto)
Extremadura 1 (Geli) - Alavés 1 (Desio)
Melilla 2 (Contreras 2, 1 pen) - Athletic Bilbao 2 (Urzaiz pen, Carlos García)
Alzira 0 - Málaga 0
Compostela 4 (Belsúe og, Cabrejo, Mauro, Gudelj) - Numancia 2 (Manusovic, Morales)
Ponferradina 1 (Robert) - Albacete 1 (Leandro)
Coria 2 (Saúl, Toni) - Lleida 4 (Calderón 2, Setvalls, Javi Peña)
Ourense 1 (Peláez) - Getafe 0
Gimnástica Segoviana 0 - Sporting Gijon 0
Villarreal 0 - Leganés 1 (James)
Badajoz 1 (Bracamonte) - Las Palmas 1 (Tevenet)
Eibar 1 (Bixente) - Toledo 0
Talavera 1 (Guerrero pen) - Mérida 0
Zamora 2 (Toño Ruiz 2) - Tenerife 2 (Emerson, Barata)
Barakaldo 1 (Pitu) - Premiá 0
Novelda 0 - Poli. Almería 1 (Bautista)

Second round second leg
(teams qualified in bold)

Sevilla (0) 1 (Tsartas) - Osasuna (1) 1 (Trzeciak)
Espanyol (1) 2 (Velamazán, Serrano) - Córdoba (1) 0
Betis (0) 2 (Alexis, Gálvez) - Bermeo (0) 0
Rayo Vallecano (2) 4 (Bolo, Cembranos, Michel I, Michel II) - Salamanca (2) 2 (Quique Martín 2)
Valladolid (1) 0 - Real Unión (1) 1 (Labiano)
Zaragoza (0) 4 (Yordi 2, Acuña, Garitano Pen) - Recreativo Huelva (0) 0
Racing Santander (0) 3 (Bestchastnykh 2, 1 Pen, Tais) - Hércules (0) 0
Real Sociedad (1) 0 - Logroñes (2) 1 (Arenaza)
Oviedo (1) 2 (Möller Pen, Jaime) - Lorca 0
Alavés (1) 1 (Azkoitia) - Extremadura (1) 0
Athletic Bilbao (2) 3 (Etxeberria 2, Urzaiz) - Melilla (2) 2 (Pascual, Paulino)
Málaga (0) 2 (Musampa, Luque) - Alzira (0) 0
Numancia (2) 3 (Morán, Pepín, Morales) - Compostela (4) 2 (Mauricio, Cabarcos)
Albacete (1) 3 aet (Javi Guerrero 2, Robert) - Ponferradina (1) 1 (Juanpi)
Coria 2 (Saúl, Toni) - Lleida 4 (Calderón 2, Setvalls, Javi Peña)
Getafe (0) 1 (Popovic) - Ourense (1) 2 (Garitano Pen, Lambea)
Sporting Gijon (0) 2 (Luna, Mingo) - Gimnástica Segoviana (0) 1 (Luengo Pen)
Leganés (1) 0 - Villarreal (0) 3 aet (Jorge López, Alfaro, Grácia)
Las Palmas (1) 1 (Eloy) - Badajoz (1) 0
Toledo (0) 0 - Eibar (1) 0
Mérida(0) 3 (Pablo Alfaro, Prieto, Moty) - Talavera (1) 0
Tenerife (2) 4 (Mista, Barata 2, Morales) - Zamora (2) 0
Premiá (0) 2 (Ibarra 2) - Barakaldo (1) 2 (Bouzo, Larreina)
Poli. Almería (1) 0 - Novelda (0) 0